Ngay sau cái chết của Bassel, Hafez Assad đã quyết định đào tạo Bashar làm chính trị và là người kế thừa mới.[14] Đầu tiên, tạo lập vị thế của Bashar trong bộ máy quân sự và an ninh. Thứ hai, xây dựng hình ảnh của Bashar trong công chúng. Và cuối cùng, cho Bashar làm quen với các cơ chế điều hành đất nước.[15]

Để có được khả năng về quân sự, năm 1994, Bashar gia nhập học viện quân sự tại Homs, ở phía bắc Damascus, và kinh qua các cấp bậc rồi trở thành một đại tá vào tháng 1 năm 1999.[9][16][17] Để thiết lập cơ sở quyền lực của Bashar trong lĩnh vực quân sự, các chỉ huy sư đoàn cũ bị buộc phải về hưu, và các sĩ quan trẻ thuộc cộng đồng Alawi trung thành được đưa lên thay thế.[18]

Song song với sự nghiệp quân sự, Bashar cũng tham gia vào các vấn đề nhà nước. Ông được trao cho nhiều quyền lực và trở thành một cố vấn chính trị cho Tổng thống Hafez al-Assad, là người đứng đầu văn phòng tiếp nhận các khiếu nạn và kháng án của công dân, và lãnh đạo một chiến dịch chống tham nhũng.

Năm 1998, Bashar được giao phụ trách hồ sơ Liban của Syria, từ thậm niên 1970 cho đến trước đó thì hồ sơ này do cựu Phó tổng thống Abdul Khaddam xử lý, người này là một trong số ít các quan chức thuộc cộng đồng Hồi giáo Sunni trong chính quyền Assad, và cho đến khi đó thì ông ta vẫn được coi là một ứng cử viên tiềm năng cho vị trí tổng thống.[18] Bằng cách phụ trách các vấn đề tại Liban của Syria, Bashar đã có thể đẩy Khaddam qua một bên và thiết lập cơ sở quyền lực của mình tại Liban.[19] Cũng trong năm đó, sau khi tham khảo ý kiến từ các chính trị gia Liban, Bashar đã đưa Emile Lahoud lên làm Tổng thống Liban (đây là một đồng minh trung thành của ông), và đẩy cựu Thủ tướng Liban Rafic Hariri sang một bên.[20]

Để tiếp tục làm suy yếu trật tự cũ của Syria tại Liban, Bashar đã thay thế Cao ủy lâu năm trên thực tế của Syria tại Liban, Ghazi Kanaan, bằng đồng minh trung thành Rustum Ghazali.[21]